Наукову структуру інституту формують 8 лабораторій.

Основні напрями досліджень:

- розроблення науково-теоретичних засад навчання та виховання дітей з порушеннями психофізичного розвитку;

- розроблення та впровадження інноваційних технологій і моделей корекційного навчання дітей з обмеженими можливостями здоров’я; впровадження результатів наукових досліджень в практику навчання і виховання дітей з порушеннями психофізичного розвитку;

- підготовка наукових кадрів через аспірантуру, докторантуру та участь у перепідготовці педагогічних кадрів;

- консультування науковців, практиків, батьків, осіб з порушеннями психофізичного розвитку;

- популяризація знань про особливості розвитку і навчання дітей з особливими потребами.

   Результати науково-теоретичних досліджень Інституту покладено в основу важливих нормативних документів у галузі спеціальної освіти, монографій, науково-методичних посібників, втілено у сучасних підручниках для різних типів спеціальних шкіл, навчальних програмах, навчально-методичних посібниках, методичних рекомендаціях.

    Інститут спеціальної педагогіки НАПН України запрошує до співпраці установи й організації, що зацікавлені у проведенні спільних наукових досліджень, започаткуванні нових міжнародних проектів у галузі спеціальної педагогіки та корекційної психології. розробці інноваційних технологій, моделей корекційного навчання.