Відділ інклюзивного навчання веде свою діяльність з 2011 році. П’ятирічний термін експериментальної діяльності сприяв отриманню переконливих результатів на користь подальшого упровадження нової інклюзивної форми навчання на теренах України та створенню наукового підрозділу для забезпечення зазначеного процесу.
Відділ компаративістики і міжнародних наукових зв`язків ‒ науковий підрозділ Інституту спеціальної педагогіки і психології імені Миколи Ярмаченка НАПН України, основною діяльністю якого є різноаспектне вивчення й аналіз систем та практик навчання, виховання, психолого-педагогічного й корекційно-розвивального супроводів осіб з особливими освітніми потребами і пошук оптимальних стратегій вдосконалення таких систем та практик в Україні.
Відділ логопедії – підрозділ Інституту спеціальної педагогіки НАПН України, який проводить фундаментальні і прикладні дослідження з питань навчання та виховання осіб із порушеннями мовленнєвого розвитку. Наразі лабораторія працює над розробкою наукового та програмно-методичного забезпечення навчання школярів із тяжкими порушеннями мовлення.
Відділ освіти дітей з порушеннями інтелектуального розвитку – підрозділ Інституту спеціальної педагогіки НАПН України, що проводить фундаментальні і прикладні дослідження з питань навчання та виховання дітей з порушеннями розумового розвитку.
Відділ освіти дітей з порушеннями сенсорного розвитку – підрозділ Інституту спеціальної педагогіки і психології імені Миколи Ярмаченка НАПН України, який проводить фундаментальні та прикладні дослідження з питань навчання дітей з порушеннями сенсорного розвитку (слуху, зору), у співпраці з партнерами визначає стратегії удосконалення освіти дітей з порушеннями сенсорного розвиту у контексті євроінтеграційних та національних освітніх реформ.
Відділ психолого-педагогічного супроводу дітей з особливими потребами здійснює розроблення змісту навчання, інноваційних технологій навчання, виховання, розвитку; технологій психологічної діагностики та корекції дітей різних вікових груп із затримкою психічного розвитку.
Відділ української жестової мови — науковий підрозділ Інституту спеціальної педагогіки і психології імені Миколи Ярмаченка НАПН України. Є єдиним науково-дослідним осередком на теренах України, який здійснює вивчення лінгвістичних особливостей української жестової мови (УЖМ), розроблення лінгводидактичного забезпечення викладання жестової мови, визначення теоретико-методичних засад використання національної жестової мови в умовах жестової двомовності навчально-виховного процесу.